L’Università di Pavia poteva disporre fin dal secolo XVI di un teatro anatomico che Gabriele Cuneo aveva ottenuto per praticare l'insegnamento dell'anatomia attraverso pubbliche ostensioni
Dopo la sua chiamata a Pavia, nel 1783, Antonio Scarpa si impegnò affinché fosse costruito nuovo teatro anatomico, più luminoso e adatto alla moderna impostazione della didattica e della ricerca. Alla progettazione, affidata nel 1785 a Leopoldo Pollack, collaborarono anche lo stesso Scarpa e l’imperatore Giuseppe II. La morte, argomento fondamentale di un'aula di anatomia, è chiaramente richiamata dalle decorazioni a cippi e vasi funerari ai lati dell'iscrizione che ricorda l'istituzione della scuola e del teatro anatomico ai fini della conoscenza della "fabbrica del corpo umano".

Particolare della decorazione del soffitto dell'aula Scarpa