Il Museo raccoglie testimonianze della storia dell’Università a partire dalle origini medioevali. Le sezioni principali sono rappresentative degli sviluppi della medicina e della fisica.
Nella sezione di fisica del Museo è stato ricostruito il Gabinetto di Fisica di Alessandro Volta, che si trovava originariamente nei locali accanto al Teatro fisico, oggi aula Volta. Sotto la direzione di Volta, a partire dal 1778, il Gabinetto venne attrezzato con gli strumenti più nuovi per la didattica e la ricerca e divenne un luogo ammirato da numerosi visitatori italiani e stranieri. Una seconda sala accoglie gli strumenti utilizzati dai successori di Volta nel corso dell’Ottocento.
Il nucleo originario della sezione di medicina è costituito dall’antico Museo allestito da Antonio Scarpa alla fine del secolo XVIII in questi stessi locali. Si conservano strumenti a preparati che rimandano all’attività della scuola anatomica di Scarpa, ai progressi nel campo della chirurgia e della clinica attraverso i secoli XIX e XX, con figure quali Luigi Porta e Carlo Forlanini, e all’attività della scuola scientifica fondata da Camillo Golgi, il primo italiano a vincere il premio Nobel per la medicina grazie alla messa a punto di un metodo istologico che pose le basi delle moderne neuroscienze.