L’aula, illuminata da grandi finestre, è divisa in due zone separate. Il pubblico accedeva alla parte ad esso riservata, interamente realizzata in legno, tramite un ingresso differente rispetto a quello utilizzato dai professori che eseguivano le autopsie. Lungo il lato curvo si susseguono nicchie che contengono i busti marmorei di grandi medici e chirurghi. L’attuale soffitto ad ombrello, che sostituisce l’originario a cassettoni progettato da Pollack, si deve all’architetto Giuseppe Marchesi. È decorato con candelabre a grottesche pompeiane alternate a figure alate che reggono i ferri del chirurgo, visibili nella sezione di medicina dell’attiguo Museo per la Storia dell’Università. Nella sezione centrale sono simbolicamente raffigurate la Medicina – la vecchia signora che si appoggia al bastone di Asclepio -  e la Chirurgia – la giovane donna che impugna un bisturi.

Giovanni Pietro Gilardone, Disegni del nuovo Teatro Anatomico della R. Università di Pavia, incisione, 1793